上海交通大学医学院附属新华社医院成立于1958年，是新中国诞生后在上海建立的第一家综合性教学医院。近50年来，新华社以治疗、诚信服务、树立良好的公众形象为突破，改善服务，规范医疗行为工作重点，在全社会的关注下，通过全体员工、医院管理、医疗水平、医疗业务、服务意识不断增强，教学科研不断进步，医院环境不断美化，使医院成为集医疗、教学、科研为一体的大型综合性教学医院。
1993年和1995年，卫生部分别授予三级甲等医院和婴儿医院称号。自20世纪80年代以来，三次获得全国良好集体称号，六次被评为上海文明单位。
医院有两个临床基地：新华社总部和上海儿童医学中心；上海儿科医学研究所、上海儿童先天性心脏病研究所、上海发育生物学重点研究室、上海环境与儿童健康重点实验室；上海临床医学中心：儿童心血管疾病临床医学中心、儿童外科畸形矫正临床医学中心；上海第二医科大学三所医学院：儿科医学院、新华社临床医学院、儿科继续教育医学院；新华社医疗开发公司、新华社泛亚医疗投资管理有限公司、上海康鑫假肢 厂。
近年来，通过对医疗市场的细致分析，医院作为核心医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院、崇明堡镇人民医院共同组建了的新华医院集团;并在各级领导的关心下，尤其在杨浦区区委、区府和区卫生局的大力支持下，杨浦区中心医院已成为医院的分院。
目前，医院有1586张床位（包括上海儿童医学中心358张床位）、44个临床科室、66个专业、8个校级研究室、营养、超声波、激光美容等6个诊疗中心WHO新生儿健康合作中心、卫生部遗传医学新生儿筛查和遗传代谢疾病中心、卫生部推广模式单位新生儿听力筛查中心等。2004年，医院门急诊科总数达到246多万人，38916人出院。
儿科已成为教育部重点建设学科、上海重点学科、上海交通大学医学院211工程重点建设项目；儿童心血管学科已成为上海医学领先学科；儿童血肿瘤、儿童保健、临床营养中心已成为上海医学重点学科；消化内科已成为教育部重点建设学科、上海交通大学医学院211工程重点建设项目；儿科已成为上海市教育委员会第三批重点学科；眼科、普通外科（胰腺）已成为上海交通大学医学院的重点建设学科。
这些重点学科和特色专业大多站在医学科学、生命科学Z的前沿，共获得上海临床医学奖21项，处于国内领先水平，部分学科进入世界好医院在2007年全国医院排名儿科排名（1），心血管疾病排名第六。
